《馬關條約》其歷史影響是極其深遠的，帝國的覆亡、民國軍閥的形成和中國急待解決的臺灣問題和釣魚島問題等等都與之息息相關。《馬關條約》條款非常苛刻，就清政府而言，如賠償和財力損失是極大的。賠償的軍費達2億兩，加上贖遼費3000萬兩和威海衛日本駐守費150萬兩，共計2億3千150萬兩，相當于清政府3年的財政收入。另外，日軍還從中國掠奪了大量的船只、兵器、機器、糧食等也價值1億兩。巨額的賠款，使清政府不得不靠舉借外債應付，列強則通過貸款控制中國的經濟命脈。《馬關條約》的簽訂是中國近代史上的一個大轉折，對這古老的帝國來說，東亞霸主的地位被彈丸小國取代，猶如晴天霹靂。

正如梁啟超所說：“吾國四千年大夢之喚醒，實自甲午戰爭敗割臺灣，償二百兆始?！闭紊系陌胫趁竦鼗?，并不代表整個社會也是沉淪的。晚清70余年，中國逐步陷入了一種受侵略、受奴役的境地。中國民眾遭受著苦難，但是沉淪僅更多的體現在政治上(特別是政府行為)，它也沒有阻止帝國的官僚們，開明士大夫和廣大的民眾卻未曾放棄探索中國富強之路。他們的努力也成了中國社會向前發展的不竭動力?！恶R關條約》的簽訂，人們就自然會想到這一回可真要弄得國將不國，瀕臨滅亡的邊緣了。

1895年以前皇帝、官僚、士紳大多數生活在傳統的思想世界里。西方資本主義列強發動的歷次侵華戰爭，也都以中國的失敗和簽訂喪權國的不平等條約而告終。但隨著烽煙的暫平息，朝野上下在受過一陣驚恐和發生一番吵嚷之后，很快就又恢復老樣子。依舊是文恬武嬉，歌舞升平。嚴重的內憂外患，不但未能使這個昏睡的，陷于麻木狀態的帝國的大多數統治者們驚醒、振作。他們在自欺欺人的“自強中興”和所謂“中外和好”的夢幻中自我陶醉。甲午慘敗和喪權辱國的《馬關條約》的簽訂，情形已和已往不同了。一則是這次戰爭敗得太慘，日本提出的條款太苛刻。再則是這次戰爭的對手是中國人一直看不上眼的小國——日本。戰后社會各階層都是極大的震撼和痛心疾首。慘敗的結局使光緒皇帝蒙受到難以承受的恥辱與刺激。他痛感國事危艱、危亡在即，“若不變法圖強，社稷難資保守?！鼻熬€將領、朝臣和士大夫紛紛上折條陳反對議和，18個督撫中10個反對和約，朝霞林院侍讀奎華等一百五十五人聯名上書認為“日本提出的賠款、割地的各條款是‘五洲所未有之奇聞，三千年所無之變局’如照此簽約，后果必然是‘法人窺粵，英人窺滇，俄人西窺新疆，東窺三省(奉天、吉林、黑龍江)四夷入侵，各示所欲’”。張之洞和易順鼎的奏折指出，“如批準條約，不僅臺灣人民反抗鬧事，各省軍民也‘必致痛哭深怨，斷不甘心?！Y果會弄得‘民窮財盡，國防解體，海軍無歸宿，陸軍無利器，‘各國侵凌，商人嗟怨，外患迭至，內變將出’，‘地險商利，餉力兵權，一朝奪盡神人共憤。’‘行見奉(天)、錦(州)、登(州)、(蓬)萊一帶不復立錐，江浙粵各疆，不復能安忱，?？?、海面，皆非我有，餉械無濟，而海運即窮;戰爭無能布置而海防又立窮。中國將來必無可辦之洋務?！倍鳛橹R分子的進京趕考的舉人們則掀起“公車上書”運動，要求清廷拒和、練兵、遷都、變法。另一方面革命分子，以孫中山為首的革命運動亦展開，他在《馬關條約》簽訂前的1895年2月領導興中會發動廣州起義，主張推翻滿清，建立共和政體。

戰后列強勢力進一步的延伸到了中國內地，資本輸出成為了主要的侵略載體和銳利武器。干涉中國內政、踐踏中國主權的情況更為嚴重。外國教會勢力的為所欲為和不法傳教士、教民肆無忌憚的為害地方，激起整個帝國廣泛的反抗。甲午戰后到處爆發反洋教、反貪官污吏的斗爭，其勢如烈火燎原。社會下層民眾為主的義和團反帝愛國運動也轟轟烈烈的爆發了。盡管它以失敗告終，但它客觀上推動了清末社會的改革，并促使舊式的農民運動向資產階級民主革命轉變。